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爆發藍藻是池塘養殖的噩夢，每年因藍藻爆發導致的損失是難以估量的。可以說，藻類控制的第一關鍵是如何避免藍藻爆發。其實，一般養殖人員所說的藍藻爆發在學術上應稱為“藍藻水華”，其關鍵問題是“水華”。
水華（Algae Bloom），是指淡水水體中藻類短期內大量繁殖、老化、大量積累于水面的一種自然生態現象。池塘水華的出現表明藻類生態系統失衡、水體富營養化、自凈能力降低或喪失、池塘生態系統惡化甚至崩潰。
藍藻是最原始、最古老的藻類，據考證，大約在34億年前就已經在地球上出現，藍藻能進行光合自養。近代研究發現藍藻沒有細胞核、色素體、線粒體及內質網，且其細胞壁的主要組成也是粘縮肽，這些都與細菌相似，被歸入原核生物，稱為藍細菌。
藍藻本身沒有多少危害，就怕藍藻老化形成水華。藍藻形成水華時，藍藻已經處于瀕死狀態，一方面將嚴重抑制浮游植物利用光合作用產生氧氣，另一方面也阻隔空氣中的氧進入水體，導致水體中溶解氧嚴重不足。長時間出現缺氧或亞缺氧狀態，會使水體持續惡化，進一步破壞水質，水生生物窒息而亡，造成生態失衡。而最為嚴重的問題是，某些有毒藍藻死亡釋放大量的藻毒素，使養殖動物暴發病害或中毒死亡！
養殖戶需要明白的一點是，藍藻水華的出現是水質惡化的結果，不是水質惡化的原因！當然，藍藻的暴發也加速了池塘生態系統的惡化，尤其是老化、死亡的藍藻釋放的藻毒素對所有養殖動物都有劇毒。因此，應該從源頭上防止藍藻水華的出現（不要讓水質惡化），而不是糾纏于藍藻水華用什么藥物能處理（沒有一種藥物能處理惡化的水質）。一旦出現藍藻水華，不是殺了藍藻就完事，而是必須重建池塘生態系統。
雖然目前藍藻水華大多歸咎于水體的氮、磷和有機污染，但在池塘養殖過程中藍藻水華的出現也不盡是富營養化所造成的。有些水質屬性本身就更容易生長藍藻，但只要藍藻不老化，不形成水華，不產生藻毒素，池塘中藍藻數量的多少并沒有任何問題。想控制好藍藻，避免老化和形成水華，必須了解藍藻的特性。
藍藻水華是池塘水質惡化的最終表現，也就是說，在池塘生態環境惡化的過程中，藍藻逐漸占了上風，單藻獨大并最后導致自身老化和崩潰。
在許多物種由于環境惡化而滅絕的今天，為什么這種古老、原始的藍藻反而生長得更加瘋狂？這必須從容易形成水華的藍藻的生物學特性去尋找答案。
（1）擁有碳酸酐酶，一種催化碳酸氫根分解為二氧化碳和水的酶：
HCO3 —> CO2 + H2O
在水產養殖pH范圍內，水體中溶解的無機碳（DIC：CO2 + HCO3 + CO3）的主要形態是HCO3，占DIC的90%以上。因而碳酸酐酶賦予藍藻極高的二氧化碳親和力，只要水體中有那么一丁點DIC，藍藻都能以接近100%的最高速度進行光合作用。
（2）完善的光氧化保護系統。當水體中無機碳不足，不能滿足卡爾文循環的暗反應時，暗反應酶系中的戊酮糖-1,5-二磷酸羧化酶就會轉變成加氧酶，催化1,5-二磷酸戊酮糖氧化并裂解成磷酸甘油酸和磷酸乙醛酸，經一系列代謝后產生具有很強細胞毒性的過氧化氫。如果沒有完善的保護系統，藻類就會因過氧化氫中毒而死亡。而藍藻已經進化出完善的光氧化保護系統，因而賦予藍藻具有強大的抗逆境的生存能力。
（3）具固氮酶系。固氮酶系賦予藍藻在氮、磷、鉀失衡的條件下具有正常的生長能力。盡管正常池塘環境下氮源并不缺乏，但在晴朗天氣條件下，有可能出現局部氮源缺乏的現象，特別是藻類密度大、透光層淺的靜水池塘。
（4）具偽空泡。偽空泡可調節藻類在水體中浮力，在上午太陽出來之后，藍藻可借助偽空泡的浮力作用快速上升到最佳光合作用光照強度的位置，有利于爭奪光源。
（5）個體微小。生物個體體積越小，比表面積越大，對水體中各種營養素的吸收能力也越強，特別是在水體微量元素低于臨界濃度的情況下，許多個體體積大、比表面積小的藻類就失去了競爭能力，無法生存和生長。
（6）藻毒素。某些藍藻處于不良環境下還會分泌藻毒素，不僅毒死濾食性生物，避免被攝食，而且還抑制其它藻類繁殖和生長，從而獨占資源。大量繁殖的結果導致池塘生態系統物質周轉中斷，自身老化死亡。
