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傳統池塘養殖水質控制本質上是藻類的控制，所謂“養魚先養水”本質上也就是養好藻類。從地球宏觀角度看，“植物合成，動物消費，微生物分解”，形成自然界閉合的能量流動和物質循環系統。就池塘而言，藻類合成，濾食性動物消費，微生物分解，形成池塘的基礎生態系統。
池塘藻類生態系統的穩定是相對的，不穩定是絕對的。這里面包括兩個層次，一個是氣候條件在發生變化，藻類的種群結構也會發生相應的變化；其次，輸入池塘生態系統的物質的量也在發生變化，也要求池塘藻類生態系統的承載能力發生相適應的變化。
要使池塘藻類生態相對穩定，每天被藻類消費的物質必須能穩定供應；同時，每天生長出來的藻類也必須被相應消費，才能保持池塘中藻類的密度和活性相對穩定。因此，藻類相對穩定（即生態系統穩定）的本質是生態系統各環節之間相對平衡。
池塘的藻類組成是池塘水質屬性和當地氣候條件所決定的。刻意去定向培養某種藻類經濟上既不劃算，實際上也很難實現。所以，藻類的控制只能是生物量上的控制而不是種群上的控制。
藍藻藻華的出現是池塘水質惡化的標志，只是殺滅藍藻并不意味著水質得到控制，養殖人員應該盡一切努力避免藍藻藻華的發生而不是等到藍藻藻華發生后再去尋找各種殺滅藍藻的方法。
常規藻類生物量控制的方法有：水體生產力（總堿度）控制、濾食魚類生物量控制、化學藥物控制、物理控制和轉移處理等。
我國傳統的池塘養殖模式是四大家魚（南方為青、草、鰱、鳙；北方為青、鯉、鰱、鳙）混養，此外，還有兩條關鍵底棲魚類——鯪和鯽。這是一種典型的生態組合。其中主養魚類是草魚或鯉魚，而青、鰱、鳙、鯪或鯽則構成一個水質控制的生態鏈。
在池塘水體中，自然發生的生物是藻類、原生動物和浮游動物，而鰱、鳙則一方面作為調節藻類、原生動物和浮游動物的生物量平衡手段，另一方面又作為生物凈化系統的氮匯和碳匯，最終以水產品的形式輸出。
要保持養殖水體的活、嫩、爽，就要保證藻類的周轉率。即維持藻類生長與消費之間的平衡。一般情況下，開塘時需要相對比較大的鰱、鳙的生物量，才能保持藻類周轉速度的需要。按照國外的相關研究，藻類的平均壽命維持在三天左右比較理想。如果濾食性魚類對藻類的“捕食”壓力太大，則藻類越來越少；如果“捕食”壓力太小，則藻類容易老化。
藻類生物量與濾食性魚類生物量之間的平衡是的動態的而不是恒定的，隨著藻類控制終端的濾食性魚類生長，其生物量在增加，同時，隨著其它養殖動物的生長和飼料投入的增加，都要求藻類生長速度增加以便和整個生態系統生物量的增加相匹配，唯一的辦法是提高藻類的光合作用效率。這就是為什么傳統養殖十天半個月就要施一次生石灰的原因。通過提高堿度來提高光合作用效率以確保日益增加的飼料污染的得以凈化以及提高生長速度來滿足濾食性魚類生物量增加的需要。
當然，藻類的生產力不可能無限制地提高以滿足日益生長的濾食性魚類的捕食壓力和池塘飼料投入日益增加的污染，因此，必要的時候必須通過控制濾食性魚類的生物量和飼料投入量以便與藻類的光合作用相平衡。具體辦法是捕撈適量的大規格濾食性魚類和主養魚類，再補充相應的中小規格濾食性魚類和主養魚類，減少池塘生物量以降低飼料污染率和對藻類的“捕食”壓力。這就是傳統養殖為什么總是輪捕輪放的原因。
也就是說，傳統的池塘養殖是通過調節池塘總堿度和濾食性魚類和飼料投入量，即通過輪捕輪放來控制藻類的。如何根據水土、氣候資源條件，構建最合理的、最有效的藻類、鰱、鳙生態鏈的最佳平衡，從而提高池塘的飼料承載能力，需要從藻類的生長速度與當地日照和水質屬性的關系、鰱、鳙的攝食強度、生長速度等最基礎的學科進行研究。
